2.2 中性绘图分析

芒果叶绿体基因组GC12的芒果密码取值范围在0.33～0.56之间，GC3的叶绿因组取值范围在0.18～0.32之间，基因全部落在中线对角线上方（图1）。体基GC12与GC3的使用相关系数0.279（表2），双尾检测相关性不显著，偏好回归系数（曲线斜率）为0.3544，性分析相关性较弱。芒果密码结合图1和表2表明芒果叶绿体基因组密码子第1、叶绿因组2位和第3位碱基之间关联性不大，体基自然选择在芒果叶绿体基因组密码子偏好使用中起主要作用。使用

2.3 ENC-plot绘图分析

ENC-plot绘图以ENC比值[（预期ENC值～实际ENC值）/预期ENC值]和ENC比值频数判断偏好性影响因素，偏好揭示ENC与GC3s的性分析关系，反映碱基组对密码子偏好性的芒果密码影响程度。基因坐标点离标准曲线的叶绿因组距离近且数量较多说明偏好性主要受到突变的影响；反之说明偏好性受选择的影响较大。图2结合表3显示60%共33个基因分布在–0.05～0.05之间，体基这33个基因的实际ENC值与预期ENC值接近，与标准曲线的距离较近，分布在–0.05～0.05之外的基因有22个，这22个基因与预期ENC值较远，在标准曲线较远的位置。说明芒果基因组密码子偏好性与GC3的差异有关，突变对芒果叶绿体基因组密码子偏好性的影响较大。

2.4 PR2-plot绘图分析

PR2-plot绘图通过分析密码子第3位碱基的组成关系，揭示密码子使用偏好性的影响因素。由图3可以看出芒果基因在4个区域内分布不均匀，多数分布于平面图的左下方。T和C在密码子第3位出现的频率较高，G与C、A与T的使用频率不相等，T的使用频率高于A，C的使用频率高于G，嘧啶的使用频率高于嘌呤，说明突变不是影响芒果密码子使用偏好性的唯一因素，选择等其他因素对芒果密码子使用偏好性也产生一定的影响。

2.5 相对同义密码子使用度分析

利用codonW软件对芒果55条基因序列的RSCU值进行计算（表4）。结果显示RSCU＞1的密码子共31个，出现频率相对较高的是以A（13个）或T（16个）结尾的密码子，是芒果基因组偏爱；以G（1个）或C（1个）结尾的密码子出现的频率较低且RSCU值多小于1，说明这些是基因组非偏好的密码子。
 

相关链接：芒果，基因组，嘧啶，嘌呤

声明：本文所用图片、文字来源《热带作物学报》，版权归原作者所有。如涉及作品内容、版权等问题，请与本网联系

• ·热烈祝贺江西李子园食品有限公司荣获上高“十大领军企业”奖
• ·蔬菜类第一名！西牛麻竹笋入选2025年广东特色食材名录
• ·九妹下厨深海鱼皮：大海的胶原蛋白装进零食袋！
• ·珊瑚海莅临伟业计量，深化技术交流与合作
• ·該擔心嗎？5大股市泡沫指標：市場多焦慮？台積電效應很危險？｜天下雜誌
• ·汉阴组织干部下沉一线排忧解难 办好“关键小事” 托起“民生大事”
• ·日立建机概念挖掘机LANDCROS One荣获红点设计大奖
• ·全球首款丨重组A型肉毒毒素首个医疗适应症获批开展临床试验
• ·潜江2023年度就业困难人员灵活就业社会保险补贴申报启动
• ·走读高质量发展丨在这个城市公园体验“超级场景”
• ·高校宿舍装空调，难在哪儿？
• ·泉州副高控场晴热回归 午后多阵雨
• ·中医好还是西医强？今晚中西医专家来论健
• ·汉阴为新就业群体撑起高温“防护伞”
• ·143个术语实现“视觉化表达”，《绿茶 术语》国际标准修订发布
• ·残友就业就找“15号市场” 泉州市举办残疾人专岗招聘会